Εκτός όμως από τις αλλεργικές αντιδράσεις, ο ΩΡΛ συχνά έρχεται αντιμέτωπος με διάφορα άλλα προβλήματα του ανοσοποιητικού όπως τα αυτοάνοσα. Σχεδόν όλα τα αυτοάνοσα νοσήματα μπορούν να εμφανίσουν σημαντικές εκδηλώσεις από την περιοχή της κεφαλής και του τραχήλου. Επειδή η λίστα αυτών των νοσημάτων είναι ιδιαίτερα εκτενής, δεν θα γίνει περαιτέρω αναφορά εδώ. Αξίζει όμως να αναφερθεί ένα πρόβλημα που θεωρείται ότι είναι ανοσολογικής φύσης και το οποίο είναι εξαιρετικά συχνό: η εκζεματοειδής δερματίτιδα του έξω ακουστικού πόρου. Εκδηλώνεται με έντονο κνησμό (φαγούρα) στο αυτί. Είναι ήπιο αλλά αρκετά ενοχλητικό πρόβλημα και τα διάφορα φάρμακα έχουν πρόσκαιρη δράση με αποτέλεσμα ο ασθενής συνήθως να έχει επισκεφθεί πολλούς συναδέλφους και να έχει ακούσει πολλά ονόματα διαγνώσεων όπως έκζεμα, νευροδερματίτιδα, ιδιοπαθής δερματίτιδα και άλλα τα οποία ουσιαστικά υποδηλώνουν το ίδιο πρόβλημα.